Por medio del Oficio N°434 del 27 de febrero de 2025 el Servicio de Impuestos Internos (SII) analizó la tributación de IVA en prestaciones de salud.
El pronunciamiento se dio ante la presentación de un contribuyente, para efectos de prestar servicios, las instituciones de salud deben, en determinados casos, cobrar aranceles mayores a los establecidos por el Fondo Nacional de Salud (FONASA), lo que implica que determinadas prestaciones no se encuentran totalmente exentas de IVA.
Conforme a lo anterior, consulta si en dicho caso se puede emitir en un mismo documento tributario ambos conceptos (afectos y exentos) o si, por el contrario, es necesario emitir dos documentos tributarios distintos, uno por las prestaciones afectas y otro por las exentas. Agrega que la emisión de una doble documentación tributaria para una misma prestación podría conllevar problemas para reembolsar el pago de estas prestaciones por parte de los afiliados a Isapre o FONASA.
El Oficio indicó que la Ley N° 21.420 incorporó un nuevo N° 20 a la letra E del artículo 12 de la Ley sobre Impuesto a las Ventas y Servicios (LIVS), que en lo fundamental libera de IVA a los servicios, prestaciones y procedimientos de salud ambulatorios siempre que se proporcionen sin alojamiento, alimentación o tratamientos médicos para recuperar la salud propios de prestadores institucionales de salud, tales como hospitales, clínicas o maternidades.
Por prestaciones de salud se debe entender las que se encuentran señaladas en las nóminas de aranceles de modalidad de atención institucional (MAI) y la nómina de aranceles modalidad libre elección (MLE) que se publican en el sitio web del Fondo Nacional de Salud. Igualmente, y aquellas que sean asimilables a las mismas o se desarrollen en el contexto de dichos procedimientos. Esta exención no tiene tope en cuanto al valor de la prestación y se aplica a todo tipo de prestaciones ambulatorias.
Por otra parte, el N° 19 de la Letra E del artículo 12 de la LIVS declara exentas de IVA las prestaciones de salud establecidas por ley, que se encuentren financiadas por FONASA y aquellas financiadas por las ISAPRES, hasta el monto del arancel fijado por FONASA en que se encuentre inscrito el prestador respectivo. Dado lo señalado en el párrafo precedente, la aplicación de esta exención ha quedado limitada a las prestaciones que no tienen el carácter de ambulatorias, esto es, fundamentalmente, prestaciones hospitalarias.
Dado lo expuesto, en caso de ser aplicable a los servicios consultados la exención del N° 19 de la letra E citada, y el monto cobrado por la institución de salud exceda el arancel de FONASA, dicho exceso estará afecto a IVA y deberá reflejarse claramente en el documento tributario correspondiente, el cual podrá detallar tanto las operaciones afectas como exentas de dicho impuesto, no correspondiendo emitir dos documentos por la misma operación.